有機の学校の施設内には、セミナールーム、ダイニング＆キッチン、土壌分析室、和室×１、個室×８、風呂、シャワールーム、洗濯機、洗面所、手洗い、トイレ×２がある。更に、育苗棟があり、育苗から種取りまで一連の流れも学ぶことができる。

セミナールームでは、最大24名同時に授業を受けることができる。大型モニターや音響システム、ホワイトボードを完備。